学校现有农学、理学、工学、管理学、经济学、文学、法学、艺术学等八大学科门类，拥有2个国家重点学科，是全国不多的拥有国家重点学科的省属高校之一，2个学科进入ESI全球前1%，3个学科跻身山东省一流学科建设名单，学校农林学科连续三年位居QS全球顶尖学科200强。此外，学校还有12个博士后科研流动站，10个一级学科博士点、49个二级学科博士点，24个一级学科硕士点、99个硕士点，89个本科专业。其中，管理学博士点获批时间比山东大学还要“早”。可以说是，学科门类齐全，实力雄厚，就学科而言也能排进“211”大学中游。

不算学校目前拥有的70余个省部级平台，仅学校拥有的1个国家重点实验室、2个国家工程实验室、2个国家工程技术研究中心等5个国家级科研平台，就超越了一半的“211”高校。2016年，首批国家重点研发计划正式公布，山东农业大学作为牵头单位获批3项，获拨经费高达1.39亿，位居全国第34位；学校主持起草的控释肥国际标准正式颁布，让中国掌握了控释肥技术国际话语权；学校研制了中国首个具有自主知识产权的马立克氏病疫苗（这种疫苗是世界上第一种有效的动物癌症疫苗），获得国际发明专利授权，并已成功转让世界知名医药生产企业；今年，学校科研团队成功克隆了国宝级的小麦基因——太谷核不育基因并对其机理进行了探讨，为将来实现小麦等作物的杂交制种创造了条件，国际著名学术期刊《自然通讯》发表了他们的研究成果。前几天，又传来喜讯，学校科研团队在植物干细胞领域研究取得重大突破，对推动植物离体快繁和基因工程奠定了重要的理论基础，标志着我国在该领域的研究达到了国际领先水平。

此外，学校还有12个博士后科研流动站，10个一级学科博士点、49个二级学科博士点，24个一级学科硕士点、99个硕士点，89个本科专业。其中，管理学博士点获批时间比山东大学还要“早”。可以说是，学科门类齐全，实力雄厚，就学科而言也能排进“211”大学中游。