西南大学由北碚校区、荣昌校区、西塔学院、中国农业科学院柑桔研究所、合川农场实验基地等几部分组成，其中北碚校区是西南大学本部。

北碚校区（本部）

北碚校区位于重庆市北碚区天生路2号，为西南大学主体（本部），据2016年7月学校官网显示，西南大学本部占地面积8000余亩，校舍面积165万平方米，绿地率达40%；建有校门8个、教学大楼40余栋、主要图书馆3个、运动场5个、体育馆3个、游泳馆3个（其中恒温1个）、篮球场3处、网球馆2个、食堂10余个、校医院2个、湖泊5个、广场8个、花园10个，还建有博物馆、校史馆、自然博物馆、历史博物馆、天文馆、地质馆、[68] 光大礼堂、学生活动中心、理科实验大楼、留学(课程)生大楼、跆拳道馆、西南大学宾馆、保利万和电影院等。

西南大学校园内历史文化建筑众多，有川东行署旧址、吴宓旧居等重庆市文物保护单位。[69] 2009年，原西南师范学院第一教学楼、第二教学楼，原西南农学院第四教学楼，川东行署旧址（行署楼），八一楼，中国科学院重庆土壤研究室旧址（侯光炯纪念馆）等6处建筑入选《首批重庆市优秀近现代建筑名录》；[70] 2016年，学校文学院、化学化工学院、三十四教、八一楼、中国科学院重庆土壤研究室旧址（侯光炯纪念馆）等5处建筑入选《重庆市第一批优秀历史建筑名录》。

此外，校本部由7条线路的校园交通车（观光车）连接校内各大区域，全范围覆盖有校园网无线WIFI，学生生活区由桃园、李园、杏园、橘园、梅园、楠园、竹园等区组成。

荣昌校区

西南大学荣昌校区位于重庆市荣昌区学院路160号，占地526亩，为西南大学多学科高水平特色校区，在本科第一批次招生。荣昌校区始建于1938年，抗战时期为中央畜牧实验所、中央血清研究所、中央农业实验所所在地，解放后为国内著名的四川省荣昌畜牧兽医学校，1978年升建为四川畜牧兽医学院。2001年与原西南农业大学、中国农科院柑桔研究所合并，设立西南农业大学荣昌校区。2005年西南农业大学与西南师范大学合并，校区更为现名。

截至2016年5月，拥有全日制在校本科学生4500余人、硕士研究生200余人，网络和继续教育学生2800余人。常驻校区在职教职工近500人，其中教授、副教授150人；具有博士、硕士学位195人；国家高等教育教学指导委员、国务院特殊津贴专家、农业部兽药审评委员、重庆市学术带头人、突出贡献专家等30余人；研究生导师80人。

西塔学院

西南大学西塔学院位于重庆市渝北区龙溪红石支路500号，鸿恩寺森林公园北面，毗邻重庆花卉园，占地105亩，在本科第一批次招生。2016年2月，以应用技术学院为基础，经国家教育部认定，设立澳大利亚与中国合作办学的首家中外合作办学机构——西塔学院。

应用技术学院是西南大学从事全日制本科教育的学院，其前身为原重庆市轻工业局隶属的重庆轻工业职工大学，于2000年8月并入西南师范大学。西塔学院是由西南大学与澳大利亚西澳大学、塔斯马尼亚大学同时冠名合作的本科联合培养学院，为二级教学科研单位，正处级建制，开设经济学、生物技术、电子信息工程和食品质量与安全四个专业。

中国农业科学院柑桔研究所

中国农业科学院柑桔研究所（西南大学柑桔研究所）位于重庆市北碚区，占地面积1918亩，是唯一的国家级柑桔专业科研机构。研究所成立于1960年；2001年9月起由中国农业科学院与西南农业大学共建；2005年7月起由中国农业科学院与西南大学共建。研究所以开展柑桔科技创新，促进优势产业发展为重点，科研工作包括种质资源收集、评价与保护，新品种创新与推广等。研究所内中国乡村建设学院旧址暨晏阳初旧居为重庆市文物保护单位。

截至2016年3月，研究所有国家级研究中心6个，省部级研究中心4个，省部级重点实验室5个；有在职职工217人，具有博士学位的研究人员19人，研究生导师26人，在读研究生121人，其中博士生19人，在站博士后3人。