成都中医药大学是全国首批中医药学博士、硕士学位授权点,首批临床医学(硕士、博士)专业学位试点单位。现有国家级重点学科4个(中药学、中医五官科学、针灸推拿学、中医妇科学),省部级重点学科44个;一级学科博士学位授权点3个、二级学科博士学位授权点21个,博士后流动站3个,博士后工作站4个,一级学科硕士授权点7个、二级学科硕士学位授权点49个。
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